Федор Никитич Романов, отец будущего царя, родился в семье знатного боярина Никиты Романовича Захарьина-Юрьева. Он был племянником царицы Анастасии Романовны, первой жены царя Ивана Грозного, и двоюродным братом царя Федора Ивановича. Родился он около 1554 года и в конце 1570-х годов, как было принято среди знати, поступил на государеву службу. В 1586 году Федор Никитич был пожалован царем Федором в бояре. По свидетельству современников, он был большим щеголем и любителем светских развлечений. Молодой боярин женился на дворянке Ксении Ивановне Шестовой, у них родилось двое детей – Татьяна и Михаил.
Федор Никитич Романов был одним из самых активных и влиятельных политических деятелей своего времени, занимал ряд государственных и военных постов, участвовал в дипломатических переговорах. Семья Романовых пользовалась любовью в народе, который сохранял добрую память о царице Анастасии и ее братьях. Поэтому Федор Никитич считался одним из соперников Бориса Годунова во время борьбы за власть, начавшейся в 1598 году, после смерти бездетного царя Федора Ивановича. Борис Годунов, которого избрали царем, Романовым этого не простил. В 1600 году Федор Никитич и его младшие братья были обвинены в заговоре против царя. Никакого заговора не было, но все Романовы были приговорены к заточению в глухих северных окраинах. Федор Никитич был насильно пострижен в монахи под именем Филарета и попал в далекий Антониево-Сийский монастырь не далеко от Архангельска.
В 1605 году, когда к власти пришел самозванец, называвший себя Дмитрием, сыном царя Ивана Грозного, участь Филарета изменилась к лучшему: из фактического пленника он превратился в обычного монаха. Однако уже через год Лжедмитрий был убит, а на престол вступил царь Василий Шуйский. Но и при новом государе положение Филарета не ухудшилось: при поддержке Василия Шуйского он был возведен в высокий сан митрополита Ростовского. Однако вскоре Филарет был захвачен в плен Лжедмитрием II, который против его воли провозгласил его патриархом в своем Тушинском лагере при жизни патриарха Гермогена, который находился в Москве. Оба патриарха состояли в хороших отношениях и в переписке. И с согласия патриарха Гермогена, Филарет продолжал выполнять свои духовные обязанности в подвластных самозванцу землях.
После свержения Василия Шуйского Филарет Никитич стал одним из влиятельных в Москве при Семибоярщине – правительстве, в руки которого перешла государственная власть. В это время русская знать обсуждала возможность призвания на русский престол королевича Владислава, сына польского короля Сигизмунда. В 1611 году, по воле Семибоярщины возглавил русскую делегацию на переговорах с поляками под Смоленском. Там под предлогом наступления войск Лжедмитрия II Филарет Никитич был и увезен в Польшу, где провел фактически в плену целых восемь лет.